Au milieu du XVII^e siècle, sous l'impulsion du gouverneur de Bretagne, Charles de La Meilleraye, fut créée une compagnie commerciale dite Compagnie de Madagascar ; elle s'installa dans l'ancienne citadelle espagnole de Port-Blavet, rebaptisée Port-Louis. En 1666, la Compagnie des Indes orientales, fondée par Louis XIV à l'instigation de Colbert, racheta le privilège de la Compagnie de Madagascar et choisit Port-Louis comme port d'armement et de retour sur l'Atlantique; mais le site s'avérant trop resserré, une ordonnance royale établit un partage entre Port-Louis, pour les entrepôts, et Lorient, alors nommée Le Faouëdic, pour les chantiers de construction des vaisseaux de la compagnie. Dès 1690, la Marine royale installe à Lorient une administration militaire.

Dès cette époque, ouvriers, charpentiers et forgerons affluèrent au Faouëdic où l'on mettait en chantier les premiers vaisseaux ; le premier, un navire de 1.000 tonneaux, le Soleil d'Orient, deviendra l'éponyme de la ville naissante : L'Orient (en breton, An Oriant). La ville se peupla rapidement (6.000 habitants en 1709, près de 20.000 en 1730), et devint une municipalité en 1738. Par cette «porte des Indes», dont le plan fut établi par l'architecte Jacques Gabriel, arrivaient les précieuses marchandises qui firent la fortune de la cité : étoffes, soieries, tapis, porelaines, thé, épices. Mais, comme Nantes, Vannes et La Rochelle, Lorient se livra aussi au trafic négrier, en particulier lorsque la route de l'océan Indien fut fermée par les navires britanniques ou hollandais (guerres de la Ligue d'Augsbourg, en 1696-1697, et de la Succession d'Espagne, de 1702 à 1714).

Menacée de ruine par la perte des colonies (1763) et la faillite de la Compagnie des Indes, Lorient fut sauvée par le rachat des chantiers navals par Louis XVI en 1782, et la création d'un arsenal royal. En 1791, Lorient est institué port militaire. Au XIXe siècle, à l'étroit dans l'espace hérité de la Compagnie des Indes, les infrastructures portuaires et industrielles se redéploient sur les rives du Scorff. C'est à Lorient que sont construits le premier navire à vapeur (1818), la première frégate à hélice (1845), la première frégate cuirassée (1858) et les premiers cuirassés en acier de la Marine nationale (1875). Kergroise devient un grand port charbonnier. Parallèlement, l'industrie métallurgique se développe (forges de Lochrist) grâce à l'énergie hydraulique des barrages du Blavet. Enfin, le port de pêche de Keroman, de taille européenne, est construit après la Première Guerre mondiale (1922); entre 1926 et 1939, la production débarquée passe de 23.000 tonnes à plus de 33.000 tonnes. À la veille de la Seconde Guerre mondiale, Lorient est à la fois un port militaire, un arsenal à la pointe des techniques de construction navale, un port de commerce actif, et le deuxième port de pêche français.

En juin 1940, Lorient est occupée par les Allemands; l'amiral Dönitz choisit établir son PC à l'arsenal et de faire du port militaire la base des sous-marins du IIIe Reich dans la bataille de l'Atlantique. En 1941, afin de protéger leurs installations militaires et mettre leurs U-Boote à l'abri des bombardements alliés, les Allemands décident de construire une base indestructible. Cette base valut à la ville d'être soumise à d'intenses bombardements de l'aviation alliée : entre janvier et février 1943, les Britanniques larguèrent plus de 4.000 tonnes de bombes; Lorient, détruite à 85 %, n'était plus qu'un champ de ruines; seule la base des sous-marins était intacte. Après le débarquement allié, en juin 1944, la Bretagne fut libérée à la fin du mois d'août. Mais Lorient, vidée de ses habitants, resta une poche de résistance allemande qui ne se rendit que le 8 mai 1945.